Покровский академический храм был сооружен к началу 1870 г. – спустя 56 лет после того как Московская духовная академия была переведена в Свято-Троицкую Сергиеву Лавру.
Пока не было своего храма, преподаватели и учащиеся могли участвовать в Божественной Литургии только в храмах Лавры. Молебны, всенощные бдения и другие чинопоследования, которые можно совершать вне освященного храма, обычно совершались в актовом зале Академии, предназначенном для экзаменов или, как их тогда называли, публичных испытаний. В осеннее и зимнее время литургию совершали в Трапезном храме, освященном в честь Преподобного Сергия, со Светлой седмицы до осени – в Успенском соборе. Иногда вся академическая семья собиралась в небольшой Смоленской церкви.

Однако такое положение дел не могло удовлетворить нужд Академии, которая должна была иметь свой храм, являющийся центром ее духовной жизни. Уклад жизни учащихся отличался от монастырского, обучение студентов продолжалось также и в храме, что вызывало некоторые неудобства и специфические особенности проведения служб.
Первым поднял вопрос об устроении домовой церкви Академии ректор архимандрит Евсевий (Орлинский), начальствовавший в Академии с 1841 по 1847 г. Свой храм было суждено получить Академии только после кончины святителя Филарета, при его преемнике святителе Иннокентии Московском. Вопрос о домовой церкви поднял ректор протоиерей Александр Васильевич Горский, возглавлявший Московскую духовную академию с 23 октября 1862 г. вплоть до своей кончины 11 октября 1875 г. Получив согласие у митрополита Иннокентия, протоиерей Александр Горский совместно с академической корпорацией приступил к избранию места для будущей церкви. Самым удобным помещением для храма оказался упомянутый зал для публичных испытаний.
1 апреля 1869 г. в правление Академии была подана записка потомственного почетного гражданина Алексея Толоконникова, в которой он выразил желание на свои средства, с благословения московского архипастыря, устроить Академический храм. К записке А.В. Толоконников приложил рисунок алтаря будущего храма, составленный архитектором Академии Гущиным.

14 апреля 1869 г. последовало определение Святейшего Синода об устройстве домовой церкви в Московской духовной академии. Времени на устройство храма потребовалось немного, так как нужно было только приспособить зал для церкви и соорудить алтарь. К началу 1870 г. эти работы были завершены.
Освящение храма митрополит Иннокентий поручил совершить преосвященному Игнатию (Рождественскому), епископу Можайскому. Согласно с желанием храмоздателя Алексия Толоконникова днем освящения стало 12/25 февраля, когда совершается память святителя Алексия Московского.

Устроенный при ректоре протоиерее Александре Горском академический храм в первоначальном виде просуществовал 22 года. Митрополит Московский Леонтий (Лебединский) при первом посещении Академии в январе 1892 г. обратил внимание на тесноту храма. В том же году по совету митрополита, при ректоре архимандрите Антонии (Храповицком), было предпринято полное переустройство Академической церкви.
Работы начались 4 июня 1892 г. Благодаря реконструкции пространство храма увеличилось вдвое. Осенью 1892 г. перестройка храма закончилась. Появилась новая позолоченная глава, увенчанная крестом. Вновь были устроены обширные сени и чугунная лестница, прямо ведущая к дверям храма. Восточную стену храма украшал трехъярусный вызолоченный иконостас. Купол, расписанный живописью, возвышался над передней частью храма. Изящные, украшенные красивой резьбой ворота указывали богомольцам путь к Академическому храму. Широкая аллея вела к расписному каменному крыльцу старинных Царских чертогов.

20 сентября 1892 г. храм был освящен митрополитом Московским Леонтием (Лебединским). В результате переустройства Академического храма все же остались некоторые недостатки: храм был низок, темен и не имел достоинств в архитектурном отношении.
С 1899 г. Академию стали возглавлять ректоры в епископском сане (они носили титул «Волоколамский»). Академическое богослужение стало торжественнее, возросло и количество богомольцев. В начале ХХ века опять стали раздаваться голоса, призывавшие к увеличению Академического храма. К столетию пребывания Академии в Лавре было решено перестроить его в третий раз.

Летом 1913 г. по благословению митрополита Московского Макария (Невского) и при его щедрой материальной поддержке Академия смогла приступить к преобразованию храма. Прежде всего, был возведен полукруглый свод из железобетона. Вследствие этого Академический храм стал вдвое выше. Был сделан новый купол над центром храма, а не в передней части храма, как это было прежде. На западной стороне храма, над коридором, отделявшим храм от ректорской квартиры, были устроены просторные хоры. Кроме прежних окон в южной стене было сделано большое окно в восточной стене, над иконостасом. Храм стал гораздо светлее.
Работы были закончены в начале ноября 1913 г. Обновление храма совершил 16 ноября ректор Академии епископ Волоколамский Феодор (Поздеевский) в сослужении академического духовенства.
На следующий день епископ Феодор совершил в обновленном храме Божественную Литургию и благодарственный молебен, перед началом которого инспектор Академии архимандрит Иларион (Троицкий) произнес слово, в котором говорил: «Всякое учреждение славно постольку, поскольку оправдывает оно ту цель, ради которой и существует. Цель Академии ясна и определенна: давать просвещенных служителей Церкви… Особая слава Академического храма в том и состоит, чтобы он самой Академии помогал оправдать ее назначение».

Перестройка 1913 г. придала Академическому храму несравненно более величественный вид. В 1914 г. он был расписан художниками С.С. Макаровым и Н.А. Протопоповым по образцу фресок В.М. Васнецова в Киевском Владимирском соборе. Одновременно был сделан трехъярусный иконостас. Все иконы были написаны на золотом фоне. Над Царскими вратами в третьем ярусе помещалась икона Покрова Пресвятой Богородицы в вызолоченной ризе, окруженная металлическими лучами. Над иконой возвышался небольшой золотой крест, перед ней горела неугасимая лампада. Эту икону, по афонскому обычаю, опускали во время акафиста. Храм был украшен четырьмя паникадилами. Центральное – в виде огромного широкого кольца – было увенчано стилизованной короной.
В 1919 г., после закрытия Троице-Сергиевой Лавры и Академии, при Академическом храме был образован приход, который вскоре перевели в церковь Иоанна Крестителя над Святыми вратами, а затем в Пятницкую и Введенскую церкви около Лавры. Академический храм был закрыт на пятой неделе Великого поста 1919 г. В помещении разоренного храма разместился городской клуб.
В 1948 г. по благословению Святейшего Патриарха Алексия I Московские духовные школы были вновь переведены в Троице-Сергиеву Лавру. Но Академический храм все еще оставался закрытым.

По ходатайству Святейшего Патриарха, руководство города Загорска (ныне Сергиев Посад) в декабре 1954 г. возвратило Академии помещение храма. 30 декабря начались реставрационные работы, которые были завершены в мае 1955 г. Из музея в Донском монастыре был получен иконостас московского храма преподобного Харитона Исповедника, разрушенного в годы революционного лихолетья.
Освящение храма состоялось 21 мая 1955 г. Святейший Патриарх Алексий I прибыл в Академию, чтобы совершить освящение храма. Наместник Троице-Сергиевой Лавры архимандрит Пимен (Извеков), будущий Патриарх, стоявший во главе Лаврского духовенства, передал ректору частицу мощей святого первомученика и архидиакона Стефана. Эта частица была положена в алтаре под престол.
После совершения чина освящения состоялась первая Божественная Литургия в храме, освященном, как и прежде, в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
После восстановления храм был расписан в несколько приемов в период с 1955 по 1965 г.

С 27 на 28 сентября 1986 г., в ночь, последовавшую за праздником Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня, Академию постигло страшное бедствие – пожар. От огня пострадал и храм. Впоследствии был заменен купол, выгоревшие росписи удалены, и храм был расписан заново учениками монахини Иулиании (Соколовой) в период с 1987 по 1990 г.
С 1955 г. богослужение в Покровском храме стало совершаться ежедневно. По благословению Святейшего Патриарха Алексия I был составлен и введен в употребление в Академическом храме сокращенный устав богослужения. Богослужебный устав Покровского Академического храма был составлен так, чтобы, во-первых, не загружать учащихся продолжительными службами, а во-вторых, чтобы будущие выпускники по окончании обучения смогли бы воспользоваться им на приходе.

За последние полвека в Московской духовной академии сложились свои традиции. В воскресные и праздничные дни все преподаватели и студенты совершают богослужение в Покровском храме. Вся академическая семья каждую среду по окончании вечернего богослужения возносит Покровительнице храма благодарственное и хвалебное пение – акафист Покрову Пресвятой Богородицы. Как правило, это богослужение возглавляет ректор в сослужении академического духовенства. Акафист исполняется нараспев тремя большими студенческими хорами, которые антифонно (попеременно) пропевают стихи песнопения. Акафист Покрову Пресвятой Богородицы вскоре стал излюбленным богослужением для преподавателей и студентов Академии, а также для многих прихожан и паломников, приезжающих в Лавру на богомолье.

В Академии существует обычай совершать общую молитву еще в один из дней седмицы. Для поминовения почивших наставников, начальствовавших, учивших и учившихся, всех сродников и всех православных христиан, каждую пятницу вечером установлено пение панихиды. Когда заупокойное богослужение не предусмотрено Церковным Уставом, то служится молебен (обычно Малое освящение воды).
Еще одна важная традиция, также введенная архимандритом Леонидом, – произнесение проповедей студентами во время богослужения. В первую очередь, были обязаны произносить проповеди преподаватели, даже если они не были в священном сане. Облачившись в стихарь, они так же, как и студенты, выходили из алтаря на амвон. На всенощном бдении, на акафисте и за ежедневной вечерней молитвой проповеди произносили только студенты, а на Божественной Литургии, после запричастного стиха на проповедь выходил кто-нибудь из преподавателей. Проповеди произносили все преподаватели, начиная с отца ректора. Первую проповедь на вечерней молитве произнес сам ректор протоиерей Константин Ружицкий.
Все эти традиции Московской духовной академии направлены на поддержание молитвенного духа и на приобретение навыков необходимых для студентов в их будущем пастырском служении.
Иеромонах Варнава (Лосев)